根據耆老口述,泰雅族先祖們居住在台灣中部的山地,此地被稱為Pinsbkan,是傳說中泰雅始祖從裂開的巨石中誕生的地方,約在現今南投仁愛鄕瑞岩部落一帶。
由於人口逐年增加,耕地不敷使用,因此起源地的族人開始往外遷移。當時最重要的mrhuw Ik-Buta(波塔領袖)帶領一部份族人向北遷移,其中一支由Makus(馬庫斯)率領的家族於b’bu Sasaw(東泰野寒山)落腳,建立聚落,此即為日後的司馬庫斯部落。
在1948年,司馬庫斯族人Yabu-Yawiy(余國宗)參加抬耀部落的聚會,從Silan-Twalu(葉廷昌)牧師手中接過以日文寫成的約翰福音手冊並帶回司馬庫斯,這是族人信仰基督教的開端。在1990年代以前,外界道路未曾開抵部落,所有族人經歷漫長徒步歲月,全以人力搬運生活物資。
1991年,司馬庫斯Icyeh-Sulung(倚岕穌隆)頭目前往巴陵部落,在晚上睡夢之際聽到上帝聲音,未來司馬庫斯也會有很多人來訪,便在回到部落後與族人展開搜尋。正如先祖們所叮嚀的,他們在深山檜木林裡找到最大的紅檜巨木,部落自此開始迎接外界遊客。1995年6月,部落聯外車用道路開通,司馬庫斯正式與整體社會接軌。
隨著道路開通、觀光人潮湧入部落,族人之間也產生了利益衝突。為了達到互助互利的理想,族人在2001年起開始建立共同經營架構,並在2004年成立Tnunan(部落議會),以集體力量為基礎,實踐「土地共有、合作共生」的生活價値,並體現聖經〈使徒行傳〉凡物公用的教導,在部落發展的道路上走出全新的模式。